Ο λαμπρός Μινωικός πολιτισμός παρήκμασε μετά το 1400 π.Χ. ύστερα από σεισμούς και πυρκαγιές που έπληξαν το νησί. Σταδιακά πολλά Ελληνικά φύλα μετανάστευσαν από την ηπειρωτική Ελλάδα στο νησί της Κρήτης.

Οι Δωριείς, αφού κατέλαβαν τις Μυκήνες, εγκαταστάθηκαν στο νησί γύρω στο 1100 π.Χ. Τα χρόνια της διακυβέρνησης τους σχημάτισαν έναν αριστοκρατικό τύπο πολιτεύματος. Η Κρητική κοινωνία διαχωρίστηκε σε τρεις τάξεις, τους ελεύθερους πολίτες που υπέκυψαν στους εισβολείς, τους γαιοκτήμονες που κράτησαν τη γη τους και πλήρωναν υψηλή φορολογία και τους σκλάβους. O Νομικός Κώδικας της Γόρτυνας δείχνει την απόλυτη εξουσία των κυβερνώντων σε όλους τους τομείς της ζωής.

Ο Μινωικός πολιτισμός διατηρήθηκε μόνο σε κάποιες απομονωμένες πόλεις και χωριά, κυρίως προς το ανατολικό μέρος της Κρήτης. Πόλεις όπως το Καρφί στα βουνά του Λασιθίου, κατοικήθηκαν από τους Μινωίτες, οι οποίοι αποκαλούσαν τους εαυτούς τους Ετεοκρήτες (αληθινοί Κρήτες). Άλλες μεγάλες πόλεις, όπως η Πραισός στο Λασίθι συγκέρασαν σταδιακά το Μινωικό με τον Ελληνικό πολιτισμό. Η Πραισός διατήρησε τη δική της διάλεκτο (που δεν έχει αποκρυπτογραφηθεί ακόμα) και παρέμεινε ακμαία μέχρι τον 3ο αιώνα π.Χ.

Κατά τον 7ο αιώνα π.Χ. η Κρήτη έγινε και πάλι σημαντικό κέντρο για την Ελλάδα, αλλά παρήκμασε και πάλι όταν άρχισαν να συγκεντρώνουν ισχύ τα κέντρα της Αθήνας, της Σπάρτης και της Μακεδονίας.

Οι Κρητικές πολιτείες, όπως η Λατώ, η Γόρτυνα, η Πραισός, η Ίτανος, η Κυδωνία, η ‘Απτερα και η Κνωσός είχαν συνεχείς διαμάχες μεταξύ τους και πόλεμοι μεταξύ των πόλεων διεξάγονταν συχνά σ’ ολόκληρο το νησί. Όταν όμως κάποιος εξωτερικός εχθρός έκανε την εμφάνισή του, οι κάτοικοι του νησιού τον αντιμετώπιζαν ενωμένοι. Παρ’ όλα αυτά το νησί έπεσε στα χέρια των Ρωμαίων το 69 π.Χ.